Όταν ο Pokémon Trainer Red εξαφανίζεται, ο πιστός του Pikachu συνεργάζεται με τον Trainer Amarillo del Bosque Verde για να τον βρει. Η αποστολή θα απαιτήσει εξυπνάδα, ικανότητες και πολλή βοήθεια από τους φίλους του Red και άλλα Pokémon. Θα βάλει επίσης την Yellow και το Pikachu αντιμέτωπα με την Elite Four, των οποίων τα κεντρικά γραφεία στη μυστηριώδη Cerise Island θα δοκιμάσουν όλες τις στρατηγικές μάχης τους!