L'histoire commence avec le narrateur, un aviateur dont l'avion tombe en panne et le force à atterrir dans le désert du Sahara. Là, il rencontre un petit garçon extraordinaire, le Petit Prince, qui lui demande de lui dessiner un mouton.

À travers leurs conversations, l'aviateur apprend l'histoire de son nouvel ami. Le Petit Prince vient d'une minuscule planète, l'astéroïde B-612, où sa seule compagnie était une fleur, une rose orgueilleuse et exigeante. Incapable de comprendre les contradictions de sa fleur, il décide de voyager pour explorer l'univers et se faire des amis.

Au cours de son voyage, il visite six autres planètes, chacune habitée par un adulte solitaire qui symbolise une facette de l'absurdité du monde des "grandes personnes" : un roi qui règne sur rien, un vaniteux qui ne cherche que des admirateurs, un buveur qui boit pour oublier sa honte, un businessman qui compte les étoiles en pensant les posséder, un allumeur de réverbères qui suit aveuglément des ordres, et un géographe qui n'a jamais exploré le monde.

Sa dernière destination est la Terre. Il s'y sent profondément seul, surtout lorsqu'il découvre un jardin rempli de milliers de roses, réalisant que sa fleur n'était pas unique. Cependant, sa rencontre avec un renard change sa perspective. Le renard lui enseigne la valeur de l'amitié et de l'amour à travers le concept d'« apprivoiser ». Il lui explique que sa rose est unique pour lui précisément à cause du temps qu'il lui a consacré.

Finalement, ayant compris l'essence de l'amour et de la perte, le Petit Prince décide de retourner sur sa planète pour retrouver sa rose. Il fait ses adieux à l'aviateur et se laisse mordre par un serpent (symbole du lien entre la vie et la mort), car son corps est trop lourd pour le voyage de retour. L'aviateur reste avec le souvenir et la sagesse que le petit garçon lui a transmis, regardant désormais les étoiles d'une manière différente.

Le livre est une allégorie sur la perte de l'innocence de l'enfance, une critique du monde des adultes et une méditation sur la véritable nature des choses, qui, comme le dit le renard, « l'essentiel est invisible pour les yeux